Năm 1945, Peres cưới Sonya (tên khi sinh Gelman), người luôn muốn sống bên ngoài con mắt của công chúng trong suốt sự nghiệp chính trị của ông. Họ có ba con: một con gái, Zvia Valdan, một nhà ngôn ngữ học và giáo sư tại Trường Sư phạm Beit Berl; và hai con trai, Yoni (sinh năm 1952), giám đốc một Trung tâm Thú y Làng, một bệnh viện thú y tại campus của Trường Nông nghiệp Kfar Hayarok gần Tel Aviv, và Hemi, chủ tịch Pitango Venture Capital, một trong những quỹ đầu tư mạo hiểm lớn nhất Israel.[11] Peres có 8 cháu và hai chắt. Sonya Peres không thể tham gia lễ nhậm chức của Shimon vì sức khoẻ kém.[12] Peres là một người cháu của nữ diễn viên Lauren Bacall (tên khi sinh Betty Joan Perski).[13][14]